El Real Cortijo de San Isidro fue declarado en 1957 Entidad Local Menor, denominación singular que solo es compartida en la Comunidad de Madrid con Belvis del Jarama.

Los habitantes del Cortijo están representados por su junta vecinal y alcalde propio, elegidos democráticamente cada cuatro años. Si bien depende en gran medida del ayuntamiento de Aranjuez, el ayuntamiento cortijero tiene competencias sobre diferentes materias.