El 22 de febrero de 1795, el Monarca Carlos IV cedió la propiedad a Manuel Godoy, Príncipe de la Paz, primer secretario de Estado, casado con la condesa de Chinchón, prima del Rey, a cambio de la huerta de la Moncloa.

La transacción se formalizó por medio de escritura ante el Gobernador de Aranjuez. Tres años más tarde, el 28 de febrero de 1798, según escritura, volvió el Real Cortijo a la Corona tras cambiárselo a Godoy por los lagos de la Albufera (Valencia).

La Real finca fue utilizada durante este periodo para fastuosas fiestas y como suministradora de buenos productos agrícolas.

Durante el Reinado de Isabel II, se remodelaron los edificios, se renovaron muchos olivos y se sustituyeron varios miles de viñas…, pero tras su expulsión, el Gobierno Provisional, el día 5 de julio de 1869 aprobó definitivamente la desamortización en España, anunciándose la enajenación del Real Cortijo en el B.O.E. Al General Juan Prim i Prats, le nombraron Ministro de la guerra y le adjudicaron el marquesado de Castillejos por su heroicidad en la campaña marroquí y la finca Real Cortijo de San Isidro, en reconocimiento por su ayuda militar y su lealtad, pasando a ser el primer propietario no Monárquico.

A través de los años se fue traspasando sucesivamente a diferentes propietarios.

El Gobierno de la posguerra lleva a cabo en España una Reforma Agraria, y el entonces Instituto Nacional de Colonización (I.N.C) comenzó a realizar, en el año 1944, un Plan de Adaptación propuesto para el Real Cortijo.

Empezó a recuperar las segregaciones de la finca Real Cortijo de San Isidro, tanto de particulares como de Entidades Bancarias, por el “procedimiento voluntario”, adquiriéndose las tierras de regadío del Término Municipal de Aranjuez y tierras de secano de los Términos Municipales de Chinchón y Colmenar de Oreja.

Cuando unificó la histórica Real finca, el día 11-noviembre-1944, su extensión superficial total era, según el Registro de la Propiedad de Chinchón, de 1.886 hectáreas, de las cuales 1.286 Has eran tierras de secano, parceladas en 111 Lotes.

El resto, 522 Has y 32 áreas de regadío, eran del Término de Aranjuez y las parceló en 102 Lotes, para entregarlos a nuevos propietarios según orden de preferencia:

1. A empleados de la propia finca, ayudándoles y tutelándoles, llamados “Tutelas”.
2. A nuevos peticionarios, llamados “Colonos”.

Los Lotes se componían de una parcela de regadío y otra de secano, aproximadamente de 4 Hectáreas cada una, a 66 de ellos se les incluía una vivienda en el Real Caserío. Se publicó en el BOE 1945, acudiendo agricultores de todas las Regiones de España.

Terminada la gran Reforma Agraria, vino la transformación urbana del Real Caserío, por el arquitecto Manuel Jiménez Varea, que convirtió cuadras, apriscos y graneros en 66 viviendas adosadas. Rehabilitó los edificios históricos, respetando el antiguo trazado urbanístico existente, formado por un perímetro pentagonal, y además se construyó un Cementerio para convertir la Real finca en un nuevo pueblo, como Entidad Local Menor (E.L.M) o Entidad de Ámbito Territorial inferior al Municipio (E.A.T.I.M), con una demarcación Territorial constituida solamente por las tierras de regadío, adscritas dentro del Término Municipal de Aranjuez.

• Limita por el Norte: Caz de la Cola alta, y la Vereda de la Camera.
• Sur: Trazado antiguo del Caz de la Azuda (estrangulado) y calle Princesa.
• Este: con finca las Asperillas.
• Oeste: Escuela de Oficiales de la Guardia Civil.

Años después, el Instituto de Reforma y Desarrollo Agrario (IRYDA) otorga en escritura pública a la E.L.M los bienes Patrimoniales comunes de uso público:

Calles, plazas, caminos, captaciones de agua en el río, cementerio y en el Casco Urbano: Zonas Verdes, deposito elevado de agua, Casa Consistorial o Ayuntamiento, 2 escuelas con viviendas, barbería, local social de 2 plantas, lagar con bodega subterránea y la 3ª parte de la Casa Grande, todo ello con sus viales, plazas e Infraestructuras.

En el año 1950, el IRYDA, viendo que se habían ocupado todas las casas del Casco antiguo por Colonos, y quedaban familias peticionarias viviendo en casillas hechas por ellos en la propia parcela, construyó 11 viviendas pareadas sociales de 90 m2, de una sola planta y con amplios patios.

En 1981, la Junta Vecinal del Real Cortijo acuerda, en un Pleno Municipal, ampliar el Casco Urbano en 22 viviendas adosadas de Protección Oficial, lo que se publica en el B.O.E, el 19 de Diciembre de1981.

Construidas en terrenos de la propia Entidad Local Menor, en 1985 se entregan en propiedad a los peticionarios, nietos de Colonos titulares, por el método de sorteo.

En el año 1991, un promotor privado construye en terreno de su propiedad 8 viviendas individuales, proyectando una urbanización en Travesía Rosales..

En el año 1999 el Ilmo. Ayuntamiento de Aranjuez aprueba un PERI (Plan especial de reforma interior) de 8 unidades de ejecución para albergar 148 viviendas unifamiliares.

El R. Cortijo de S. Isidro esta catalogado como bien a Proteger del Patrimonio Histórico-Artístico, en él viven unos 1.000 vecinos, formando una sociedad variopinta haciendo gala de un carácter acogedor, conseguido a través de estos tres siglos de convivencia de gentes pioneras de muy distintas Regiones y culturas.